En janvier 2011, Arnaud Meunier a pris la direction de La Comédie de Saint-Étienne, Centre dramatique national et de son École Supérieure d’Art Dramatique. Il y met en scène les textes de Stefano Massini, Femme non- rééducable - Mémorandum Théâtral sur Anna Politkovskaïa et Chapitres de la chute, Saga des Lehman Brothers, qui a obtenu le Grand prix du Syndicat de la critique en 2014. Il a ensuité dirigé Catherine Hiegel et Didier Bezace dans Le Retour au désert de Bernard-Marie Koltès. Pour l’édition 2016 du Festival d’Avignon, il crée Truckstop de l’autrice néerlandaise Lot Vekemans à la Chapelle des Pénitents Blancs. Puis, il poursuit l’exploration du théâtre de Stefano Massini en dirigeant la comédienne Rachida Brakni dans la dernière pièce de l’auteur florentin Je crois en un seul dieu. En partenariat avec CalArts, The Californian Institute of the Arts de Los Angeles, il crée le spectacle Fore ! de l’autrice afro-américaine Aleshea Harris. En 2017, il passe commande à l’auteur Fabrice Melquiot pour la pièce J’ai pris mon père sur mes épaules. Elle est créée à La Comédie de Saint-Étienne en janvier 2019 avec notamment au plateau Philippe Torreton, Rachida Brakni et Vincent Garanger. En octobre 2019, il crée Candide de Voltaire, un spectacle avec huit comédiens et deux musiciens au plateau. Parallèlement, Arnaud Meunier travaille également pour l’opéra (L’Enfant et les sortilèges au Festival d’Aix en Provence, Ali-Baba à l’Opéra-Comique). Sur la scène du Théâtre du Rond-Point, Arnaud Meunier a mis en scène : Je crois en un seul dieu ; Chapitres de la chute ; Pasolini, nous sommes tous en danger ! ; Le Problème et J’ai pris mon père sur mes épaules.
En janvier 2021, il est nommé directeur de la MC2, Scène nationale de Grenoble.